Das Fach Biologie ist am Franz-Miltenberger-Gymnasium außer in der 7. Jahrgangsstufe in allen Stufen vertreten. Mit zwei Wochenstunden in den Klassen 5 – 10 und drei Wochenstunden in den Jahrgangsstufen 11 und 12. Ergänzt wird der Unterricht in den 5. Klassen durch eine weitere Wochenstunde wissenschaftliches Arbeiten. Sie werden in der Stundentafel als Natur und Technik geführt. Für diese dritte Stunde, in der das praktische Arbeiten in Vordergrund stehen soll, kann die Klasse geteilt werden. In den 6. Jahrgangsstufen kommt eine Wochenstunde Informatik dazu. Im Zeugnis erscheinen beide Teilgebiete als die Note in Natur und Technik.
In der Oberstufe kann Biologie als Profilfach gewählt werden. Bisher kamen meistens zwei Biologiekurse zustande. Darüber hinaus gab es seit der Einführung der achtjährigen Gymnasiums bisher jedes Jahr Angebote für Seminare (sowohl W-Seminar als auch P-Seminar).
Als Wahlfach oder für Arbeitsgruppen Biologie stehen Stunden zur Verfügung. So gab es einen Kurs Trophologie, ein biologisch-chemisches Praktikum oder Arbeiten im Schulgarten und die Imkerei. Die Bienenstation wurde durch ein P-Seminar eingerichtet.